In de algemene vergadering, het hoogste bestuursorgaan, zetelen de vertegenwoordigers van alle aangesloten gemeenten, OCMW’s en intergemeentelijke verenigingen die lid zijn van IGEAN. De algemene vergadering komt twee keer per jaar samen en benoemt onder andere de commissaris-revisor, die de financiële verrichtingen van IGEAN controleert.
De raad van bestuur heeft de meest uitgebreide bevoegdheden voor het bestuur van IGEAN. Eigenlijk komt het erop neer dat de raad van bestuur bevoegd is voor alles wat niet voorbehouden is aan de algemene vergadering. In de raad van bestuur zijn alle aangesloten gemeenten rechtstreeks vertegenwoordigd.
Het managementteam staat onder leiding van de algemeen directeur, Jo Bridts. Het m-team leidt samen het geheel van activiteiten en medewerkers van IGEAN. Ze bereiden de strategische beslissingen voor om een kwaliteitsvolle, klantgerichte dienstverlening te verzekeren en op die manier bij te dragen tot de realisatie van een betere lokale leefomgeving.